Phạm Quỳnh sinh tại Hà Nội nhưng quê quán vốn là người làng Thượng Hồng, xã Lương Ngọc, phủ Bình Giang tỉnh Hải Dương.
Năm 1908, ngay khi tốt nghiệp trường Thông Ngôn Hà Nội (trường Bưởi), Phạm Quỳnh đã làm việc tại Viện Viễn Đông Bác Cổ lúc mới 16 tuổi.
Năm 1916, ông tham gia viết báo cho một số tờ có uy tín đương thời như Đông Dương tạp chí của Nguyễn Văn Vĩnh.
Năm 1917, ở tuổi 25, Phạm Quỳnh sáng lập Nam Phong tạp chí kiêm chủ bút và chủ nhiệm của tạp chí này đến năm 1932.
Năm 1919, ông sáng lập và là Tổng thư ký Hội Khai Trí Tiến Đức.
Năm 1924, ông giảng dạy tại trường Cao đẳng Hà Nội về Bác ngữ học, Văn hóa, Ngữ ngôn Hoa Việt; đồng thời làm trọ bút báo France - Indochine.
Năm 1925, ông làm Hội trưởng Hội Trí Tri Bắc Kỳ. Một năm sau, ông làm ở Hội đồng Tư vấn Bắc Kỳ.
Năm 1929: ông được cử vào Hội đồng Kinh tế và Tài chính Đông Dương.
Năm 1930, Phạm Quỳnh đề xướng thuyết lập hiến, đòi hỏi người Pháp phải thành lập hiến pháp, để quy định rõ ràng quyền căn bản của nhân dân Việt Nam, vua quan Việt Nam và chính quyền bảo hộ.
Năm 1931, ông giữ chức Phó Hội trưởng Hội Địa dư Hà Nội.
Năm 1932, ông giữ chức Tổng Thư ký Ủy ban Cứu trợ xã hội Bắc Kỳ. Cũng trong năm này, Phạm Quỳnh được triều đình nhà Nguyễn triệu vào Huế tham gia chính quyền, thôi không làm chủ bút Nam Phong tạp chí nữa. Tại Huế thời gian đầu ông làm việc tại Ngự tiền Văn phòng, sau đó làm Thượng thư Bộ Học và cuối cùng giữ chức vụ Thượng thư Bộ Lại (1942-1945).
Năm 1945, Phạm Quỳnh lui về sống ẩn dật ở biệt thự Hoa Đường bên bờ sông đào Phủ Cam (Huế) khi Nhật đảo chính Pháp. Đến ngày 23 tháng 8 năm 1945, ông bị Mặt trận Việt Minh bắt và áp giải ra khỏi Huế rồi bị Việt Minh xử tử khi mới 52 tuổi.
Năm 1956: di hài ông được tìm thấy và đưa về cải táng trong khuôn viên chùa Vạn Phước (Huế).
Năm 2018: Phạm Quỳnh được Giải thưởng văn hóa Phan Châu Trinh 2018 vinh danh là “Danh nhân văn hóa Việt Nam thời hiện đại”. Ông là người có công rất lớn trong việc quảng bá chữ Quốc ngữ trong những năm đầu thế kỷ 20.